Zistersdorf wurde im Jahre 1160 erstmals urkundlich erwähnt und um 1250 von den Kuenringern als mit Mauern umgebene Stadt gegründet. Die Verleihung des Stadtrechtes erfolgte 1284.

Der Ort und seine Umgebung waren mehrmals Opfer feindlicher Einfälle, so wurden im 15. Jahrhundert große Teile des Weinviertels von den Hussiten heimgesucht und geplündert, darunter auch Zistersdorf. Gegen Ende des Dreißigjährigen Krieges zog der schwedische General Torstensson nach seinem Sieg bei Jankau 1645 eine Spur der Verwüstung bis nach Wien, wobei er mit seinem Heer auch in Zistersdorf einfiel. Am 17. Oktober 1706 fielen die Kuruzen unter Graf Simon Forgatsch (Forgács) mit 16.000 Mann in Zistersdorf ein, plünderten den Ort und töteten im Schloss rund 400 Menschen.

Nachdem der letzte Kuenringer 1594 verstorben war, wurden danach die Pottendorfer, später die Grafen von Althan die Stadtherren von Zistersdorf. Zu den Stadtherren gehörte auch Rudolf von Teuffenbach, der als Feldmarschall im Dreißigjährigen Krieg in der Armee Wallensteins diente. Er gründete ein Spital und ein Franziskanerkloster mit Kirche, die heutige Pfarrkirche. Um 1820 wurde das Schloss der k.k. Ritterakademie übergeben.

Bekannt wurde Zistersdorf durch seine Erdölfunde. Im August 1930 wurde zum ersten Mal Rohöl gefördert.

 

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